一、在主体法律地位上的区别

根据《中华人民共和国公司法》（中华人民共和国主席令第42号）第十四条规定：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
由此可见，在主体法律地位上它们是完全不同的：
1、子公司在法律上是一个独立的法人，依法独立承担民事责任，即：以自己的名义进行各类民事经济活动;独立承担公司行为所带来的一切后果与责任。
2、分公司在法律上不是一个独立的法人，不具有独立承担民事责任的资格，也就是说它在法律上是从属于总公司的一个分支机构，不是独立的个体。
 

二、在关联关系上的区别

1、子公司：
母公司与子公司之间一般表现的是股份的控制与被控制关系，也许是全资控制，也许是最大股东的控制。子公司在经济和决策上受母公司的支配与控制，但在法律上，子公司是独立的法人。
子公司拥有独立的名称和公司章程;具有独立的组织机构;拥有独立的财产。
子公司实行独立核算、自负盈亏。
2、分公司：
总公司与分公司之间一般表现为是总机构与分机构的关系，具有从属的特性。分公司在本质上就是总公司的一个安置在异地的派出机构。
分公司一般都不是完全独立核算单位，盈亏只是一种业绩考核。
子公司可以成立分公司，但分公司不可能拥有子公司。
 

三、在税务处理上的区别

（一）子公司的处理
子公司是作为独立法人，实行独立核算并独立申报纳税，是完全独立的纳税人，承担全面的纳税义务。
（二）分公司的处理
分公司作为分支机构的一种，适用总分机构的相关政策。
总机构和分支机构应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。