1.不管在不在医保目录范围，都要“刷”医保卡，否则社会医疗保险管理信息系统没有记录，没有记录就不能“扣”；
2.个人负担超过15000元的医药费用支出部分才能扣；
3.按照每年60000元标准限额据实扣除
（1）“个人负担超过15000元的医药费用支出部分”大于60000元，按照60000元扣除。
（2）“个人负担超过15000元的医药费用支出部分”小于60000元，按照“个人负担超过15000元的医药费用支出部分”扣除。
4.上述扣除是指一个纳税年度内，下一个纳税年度重新按照是否“个人负担超过15000元”去判断；
其中：纳税年度，自公历一月一日起至十二月三十一日止。
5.大病医疗专项附加扣除由纳税人办理汇算清缴时扣除。
交给单位，单位“不管”，由个人（纳税人）办理汇算清缴或委托扣缴义务人或者其他单位和个人办理汇算清缴（可能申报退税），申报退税应当提供本人在中国境内开设的银行账户；
6.能扣除只是个人自己的大病医疗支出；
7.应当留存医疗服务收费相关票据原件（或复印件）。
参考：《个人所得税专项附加扣除暂行办法（征求意见稿）》中关于“扣缴义务人”的规定：
第九条 一个纳税年度内，在社会医疗保险管理信息系统记录的（包括医保目录范围内的自付部分和医保目录范围外的自费部分）由个人负担超过15000元的医药费用支出部分，为大病医疗支出，可以按照每年60000元标准限额据实扣除。大病医疗专项附加扣除由纳税人办理汇算清缴时扣除。
第十条 纳税人发生的大病医疗支出由纳税人本人扣除。
第十一条 纳税人应当留存医疗服务收费相关票据原件（或复印件）。